Năm 2007, sau khi Trung Quốc phê chuẩn việc thành lập thành phố Tam Sa nhằm trực tiếp quản lý các quần đảo trên Biển Đông, trong đó có Hoàng Sa và Trường Sa của Việt Nam, Bùi Minh Quốc và một số trí thức văn nghệ sĩ Việt Nam đã lên tiếng phản đối. Ông nói Trung Quốc đã "chà đạp lẽ phải" trong vụ tranh chấp Hoàng Sa, Trường Sa.[10]

Với tư cách là hội viên, ông đã gửi một lá thư ngỏ cho Ban Chấp hành Hội Nhà văn Việt Nam cùng toàn thể các đồng nghiệp trong Hội, với lòng mong muốn Ban Chấp hành Hội Nhà văn Việt Nam sớm có tuyên bố chính thức về vụ việc này. Ông cũng mong Hội xuất bản ngay cuốn sách về Hoàng Sa, Trường Sa đã được soạn thảo, để mọi người có thể nắm vững thông tin.[10]

Lá thư ngỏ của nhà thơ Bùi Minh Quốc cũng được gởi cho báo chí trong nước, nhưng đến nay không có báo nào đăng.[10]